Le Haut Conseil des Collectivités Territoriales est créé par la Loi constitutionnelle n°2016-10 du 05 avril 2016 portant révision de la constitution et adoptée suite au référendum du 20 mars 2016. Cette loi précise les missions, organisation et fonctionnement du HCCT.

Le HCCT est un organe consultatif chargé d'étudier et de donner un avis motivé sur les politiques de décentralisation, d'aménagement et de développement du territoire. Le HCCT est également chargé d’assurer la concertation et le dialogue entre l’Etat et les collectivités territoriales dans le souci de réussir à concilier décentralisation et aménagement des territoires.

Le HCCT est composé d’une assemblée plénière de 150 membres et est dirigé par un bureau composé de 11 membres dont 01 président, 06 vice-présidents et 04 secrétaires qui, à l'exception du Président, sont élus par l'Assemblée pour un mandat d'un an renouvelable.  

Pour exécuter sa mission, le HCCT s’appuie sur 11 commissions techniques chargées de procéder à la préparation des projets de rapports et d’avis qui seront soumis à la validation de la plénière. Les onze commissions concernent :

• Commission des études, de la planification et du suivi de l’évaluation des politiques de décentralisation, de développement et d’aménagement du territoire ;
• Commission de développement des pôles-territoires ;
• Commission de la coopération et du financement des collectivités territoriales ;
• Commission de l’environnement, des ressources naturelles et des industries extractives ;
• Commission de l’éducation, de la formation et de l’emploi ;
• Commission de l’urbanisme, de l’habitat, du cadre de vie et de la promotion de l’équité territoriale ;
• Commission de la santé et des affaires sociales ;
• Commission de la culture, la communication, la jeunesse et des sports ;
• Commission du genre, des migrations et de la sécurité ;
• Commission de suivi du contrôle de légalité des actes des collectivités territoriales ;
• Commission des Affaires foncières et domaniales territoriales.

Le HCCT est doté d’une administration composée du secrétariat général et du cabinet du Président du HCCT. Cette administration est chargée d’accompagner le Président et les conseillers dans l’exécution de leur mission. De la qualité des ressources humaines composant cette administration dépendra, en grande partie, la bonne marche du HCCT.

La coordination de tous les services techniques et financiers, est assuré par le secrétariat général et le Secrétariat général adjoint tandis que le cabinet dirigé par le directeur de cabinet comprend tous les conseillers techniques et le personnel du Cabinet.